Le Département intervient dans les secteurs maritimes et portuaires d'une part en applicationdes compétences transférées par les lois de décentralisation de 1983, et d'autre part de façon volontaire pour maintenir la pérennité de certains équipements littoraux et d'activités maritimes et fluviales.
22 ports de pêche, de commerce ou mixtes, transférés par l'Etat, le bassin ostréicole arcachonnais, le littoral atlantique et estuarien, la pêche, la conchyliculture et l'aquaculture sont autant de secteurs que le Département doit gérer, soutenir et développer.
Sur les 22 ports départementaux, 10 sont en gestion directe du Conseil général, les autres étant concédés aux communes. Sur ces différents ports, une grande majorité des pêcheurs et ostréiculteurs de Gironde, ainsi que certaines grandes entreprises du nautisme, exercent leur activité
L'action du Conseil Général auprès des filières économiques de la mer passe donc d'une part par une gestion dynamique des ports départementaux qui conduit à offrir aux entreprises sur ces sites les meilleures conditions de travail et de développement, et par ailleurs par un accompagnement des entreprises et des organismes socioprofessionnels pour l'exercice de leurs activités.